中日友好医院临床医学研究所（临研所）建于1984年，中日友好医院首任院长辛育龄为首任所长，是当时国内最早、设施最先进的院属研究所之一。1985年成为国家一级研究所。迄今为止取得数个重大科研成果,获批2个北京市重点实验室,1个国家中医药管理局重点研究室和1个中西医结合临床重点学科，为医院临床各学科培养了大批优秀人才。

2022年10月，临研所改造后开设了共享实验区，建成有实验研究平台、公共仪器平台、实验动物平台、临床生物样本库平台及运维中心，优化整合科研资源，为全院开展科学研究提供技术及服务支撑。